В The Last of Us объяснили, откуда у Элли иммунитет
В оригинальной игре этот вопрос остался за кадром.

Завершился первый сезон сериала The Last of Us: на канале HBO состоялась премьера девятого эпизода шоу. Оказалось, финальный эпизод немного обогатил канон вселенной The Last of Us, объяснив, откуда у Элли иммунитет к кордицепсу.
В оригинальной игре происхождение иммунитета прямо не объяснялось. В сериале этому вопросу посвящен флэшбек, где появляется Анна, мама Элли; ее сыграла актриса Эшли Джонсон, исполнившая роль самой Элли в оригинальной игре.
Оказалось, зараженный укусил беременную Анну прямо перед тем, как она родила Элли. Анна постаралась максимально быстро перерезать пуповину, но какая-то часть вируса, видимо, успела передаться дочери.
Этого оказалось достаточно, чтобы организм Элли выработал иммунитет. Когда Элли и Джоэл добираются до Светлячков и их врачи исследуют девочку, они приходят к выводу, что кордицепс всегда был в организме Элли.
[Кордицепс внутри Элли] производит своеобразную химическую метку и обычный кордицепс думает, что она уже заражена. Вот поэтому у нее и иммунитет.
Примечательно, что фанаты еще несколько лет назад предсказали, каким будет объяснение иммунитета Элли. Для этого им хватило короткого письма, написанного Анной перед смертью; это письмо появляется в первой части The Last of Us.